METSO-ohjelmaa tukevaa tutkimusta tehdään pääasiassa yliopistoissa, eri tutkimuslaitoksissa ja Luonnontieteellisessä keskusmuseossa.
Luken METSO-tutkimus
Luonnonvarakeskus (Luke) seuraa ja tutkii METSO-ohjelman toteutumista, vaikutuksia sekä kehittämistarpeita ekologisista, taloudellisista ja yhteiskunnallisista näkökulmista. Näin luomme pohjaa monimuotoisuuden turvaamisen keinojen kehittämiselle ja niiden toimivuuden arvioinnille. Luken tutkimuksissa on todettu, että METSO-ohjelmassa on onnistuttu suojelemaan monimuotoisuuden kannalta arvokkaita metsäkohteita ja ohjelman luonnontieteelliset valintaperusteet toimivat hyvin lajistoltaan arvokkaimpien kohteiden tunnistamisessa.
Suomen ympäristökeskuksessa (SYKE) tehdään METSO-ohjelman toteutusta tukevaa tutkimusta ja kehittämistä etenkin Helsingin yliopistossa kehitetyn Zonation-ohjelmiston avulla. Paikkatiedon hyödyntämiseen perustuvan ohjelmiston avulla tunnistetaan muun muassa METSO-ohjelmaan mahdollisesti soveltuvia kohteita. Zonation-analyysien parissa tehdään laajaa yhteistyötä, jossa keskeisiä toimijoita ovat SYKE, Metsähallitus Luontopalvelut, Suomen metsäkeskus, Helsingin yliopisto, Tapio Oy sekä ympäristöministeriö ja maa- ja metsätalousministeriö. Zonation-analyysituloksiin perustuvat mm. Suomen metsäkeskuksen Metsään.fi-palvelun Mahdollinen METSO-kohde -luontokohdetiedot.